Společnosti, které uplatňují odpočet na výzkum a vývoj by měli být zvláště opatrní při způsobu kalkulace nákladů zahrnovaných do tohoto odpočtu. Dle rozsudku Krajského soudu v Hradci Králové nelze náhrady mzdy za dovolenou považovat za náklady vynaložené při realizaci výzumu a vývoje. GFŘ tento závěr potvrdil – v době čerpání dovolené se pracovník osobně nepodílí na realizaci konkrétního výzkumného či vývojového projektu.